"Star Trek: Sektion 31" folgt Philippa Georgiou, die von einer geheimen Einheit der Sternenflotte für eine riskante Mission rekrutiert wird. Eine gestohlene Waffe droht ganze Welten zu vernichten. Während ihr Team Verrat und unerwartete Feinde bekämpft, kehrt eine Figur aus Georgious Vergangenheit zurück. Entscheidungen werden über Leben und Tod bestimmen, doch der wahre Feind kennt ihre dunkelsten Geheimnisse.